Сложившаяся в конце 90-х годов на постсоветском пространстве обстановка, связанная с заметным возрастанием террористической и экстремистской активности, а также увеличением рисков национальной безопасности для молодых суверенных государств, заставила по-новому взглянуть на систему межгосударственных отношений. Стало очевидным, что террористическая и экстремистская преступность приобрела черты организованной транснациональной деятельности.
1 октября 1999 года в г. Киеве на заседании Совета министров внутренних дел руководители правоохранительных органов выступили с обращением к главам государств и главам правительств государств, входящих в СНГ, где указали: «…Нарастание терроризма, бандитизма, похищения людей, незаконного оборота оружия и боеприпасов, других тяжких преступлений наносит серьезный ущерб безопасности наших государств. Сегодня эскалация насилия происходит на Кавказе и в Средней Азии, а завтра это может распространиться на другие регионы. В этих условиях необходимо дать достойный отпор международному терроризму, вооруженному сепаратизму и другим проявлениям экстремизма, консолидировать усилия наших стран и, в первую очередь, их правоохранительных структур».
В повестку Совета глав государств был включен вопрос о необходимости создания структуры, которая бы обеспечила координацию деятельности органов безопасности, специальных служб и правоохранительных органов в борьбе с терроризмом и экстремизмом.
25 января 2000 года в городе Москве состоялся обмен мнениями членов Совета глав государств СНГ по вопросу противодействия международному терроризму в свете итогов Стамбульского саммита ОБСЕ.
Решением данного заседания стало поручение советам безопасности стран Содружества совместно с Советом руководителей органов безопасности и специальных служб, Советом министров внутренних дел и Советом министров обороны государств – участников СНГ разработать программу борьбы с международным терроризмом и экстремизмом, предусмотрев создание единого антитеррористического центра.
21 июня 2000 года Решением Совета глав государств СНГ, состоявшемся в г. Москве, создан Антитеррористический центр государств – участников Содружества Независимых Государств и утверждено Положение о нем.
Решением Совета глав государств СНГ от 7 октября 2002 года в структуре АТЦ СНГ создано отделение по Центрально-Азиатскому региону с дислокацией в г. Бишкеке Кыргызской Республики.
