Создано решением Совета глав государств СНГ от 7 октября 2002 года.
Является структурным подразделением АТЦ СНГ, обеспечивающим на региональном уровне координацию взаимодействия компетентных органов государств-участников СНГ Центрально-Азиатского региона в области борьбы с терроризмом и иными насильственными проявлениями экстремизма.
Основными задачами Отделения являются:
- мониторинг оперативной обстановки в области борьбы с терроризмом и иными насильственными проявлениями экстремизма в регионе;
- обобщение и анализ информации, поступающей от партнеров из компетентных органов, а также СМИ и иных открытых источников о состоянии, динамике и тенденциях распространения терроризма и экстремизма;
- оказание содействия в подготовке и проведении совместных/согласованных оперативно-розыскных и антитеррористических мероприятий государств-участников СНГ (командно-штабных тренировок, оперативно-тактических учений, региональных экспертных консультаций, семинаров, конференций, круглых столов и др.);
- оказание содействия компетентным органам государств-участников СНГ в осуществлении межгосударственного розыска лиц, совершивших преступления террористического характера и скрывающихся от уголовного преследования или исполнения судебного приговора;
- участие в разработке проектов нормативно-правовых, программных, аналитических, методических и иных документов, затрагивающих вопросы борьбы с терроризмом и иными насильственными проявлениями экстремизма;
- поддержание рабочих контактов с представительствами международных организаций государств-участников СНГ Центрально-Азиатского региона, занимающихся вопросами борьбы с терроризмом и экстремизмом.
Место дислокации Отделения АТЦ СНГ по ЦАР - г. Бишкек Кыргызской Республики.